Per persoon verschilt hoe aften ontstaan. Veel jongeren (en volwassenen) die een beugel dragen, hebben met name in het begin veel last van aften. Ook hebben mensen die vaak op hun tong of wang bijten eerder last van de pijnlijke aftblaasjes in hun mond.
Een slechte weerstand en stress (twee die sowieso vaak hand in hand gaan) zijn de meest genoemde oorzaken van aften. Bij een verminderde weerstand spelen andere onderliggende oorzaken, zoals vitaminetekort (met name B12, zink, foliumzuur en ijzer), en een ongezond of gewijzigd eetpatroon. Ook mensen met maagdarmkanaalaandoeningen of patiënten die chemobestralingen ondergaan melden relatief vaak aften.
Tot slot kunnen overgevoeligheden voor voeding bijdragen aan het ontstaan van aften. Voor de één is dat een overgevoeligheid voor kruidig of juist zuur eten (citrusvruchten), voor de ander een overgevoeligheid voor xylitol (vaak gebruikt in kauwgom).